Cuando se utilizan más de una vez substratos inertes, como el mapito, lana de roca, bloques de arcilla, etc…, hay que descontaminar el substrato debido al crecimiento de bacterias patógenas para las plantas, hongos (hay que pensar sobre todo en el Pythium, más conocido como pudridor de raíces), virus, formación de cieno, depósitos y cristalización de sales, etc.